回到总部后，科研人员对这次战斗的数据进行了详细分析，发现他们和EVA机体的深度融合产生了一种新的能量反应，这种反应可能是对抗使徒的关键。
在休息区，大雄和哆啦A梦坐在一起。
“哆啦A梦，你说我们和EVA机体的这种深度融合到底是怎么回事呢？”大雄好奇地问。
哆啦A梦从四次元口袋里拿出一个能量分析器，边摆弄边说：“我也不太清楚呢，大雄。也许这和EVA机体本身的神秘构造有关，也可能是因为我们和它们长期并肩作战，建立了一种特殊的情感纽带，这种纽带让我们能够在精神上更深入地连接。”
“那这种力量会不会有什么副作用啊？我有点担心呢。”大雄皱着眉头说。
“这也是我在担心的问题。”哆啦A梦停下手中的动作，看着大雄，“我们对这种力量还了解得太少，如果不能很好地控制它，可能会对我们和EVA机体都造成伤害。我们得和科研人员一起好好研究一下。”
就在这时，一名科研人员跑过来对他们说：“我们在分析数据时发现了一些奇怪的信息，在使徒的能量波动中，似乎隐藏着一种有规律的信号，这个信号和之前发现的隐藏信号有些类似，但又有不同，好像是在向某个地方传递信息。”
“什么？传递信息？难道还有其他的幕后黑手？”大雄惊讶地问。
“目前还不清楚，但我们需要进一步调查。”科研人员说。
这个新的发现让大家陷入了沉思，他们意识到，使徒背后的秘密可能比他们想象的还要复杂，而他们的战斗还远远没有结束。
在后续的日子里，他们一边继续训练和探索与EVA机体的融合，一边等待科研人员对新信号的分析结果。
然而，在一次训练中，大雄却发现了一个奇怪的现象。当他和EVA机体深度融合时，他似乎看到了一些模糊的画面，画面中有一个神秘的地方，像是一个巨大的实验室，里面有许多奇怪的仪器和一些和EVA机体相似的身影。
训练结束后，大雄立刻找到哆啦A梦。
“哆啦A梦，我在训练的时候看到了一些奇怪的画面，你说这是怎么回事啊？”大雄着急地问。
哆啦A梦一脸惊讶：“奇怪的画面？你看到什么了，大雄？快告诉我。”
大雄把他看到的画面描述了一遍，哆啦A梦听后眉头紧锁。
“这听起来很不寻常，大雄。这些画面可能是EVA机体的记忆，或者是和使徒背后的秘密相关的线索。我们得重视起来。”哆啦A梦说。
“那我们该怎么办呢？”大雄问。
“我们先问问其他人有没有类似的情况，然后向碇司令报告，看看能不能得到一些帮助。”哆啦A梦回答道。
他们把这个情况告诉了胖虎、静香等人，大家都表示没有看到类似画面。于是，他们一起向碇司令报告。碇司令听了他们的描述后，表情变得更加严肃。
“你们所看到的可能是一个重要的线索，我会安排人员协助你们调查。但你们要记住，这可能会让你们陷入更大的危险之中，你们做好准备了吗？”碇司令问。
“我们已经准备好了，司令，我们一定要揭开这个秘密。”大雄坚定地说。
在调查过程中，他们发现了一些古老的文件，文件中提到了一个神秘的计划，这个计划似乎和EVA机体的制造以及使徒的出现都有关系。但文件中的很多内容都被加密了，需要进一步破解。
“看来我们离真相越来越近了，但也越来越危险了。”哆啦A梦看着加密文件说。
“不管有什么危险，我们都不会退缩。”大雄握紧拳头说。
就在他们努力破解文件的时候，总部再次出现了异常情况，一些神秘的身影在总部的阴影处出没，这些身影行动迅速，似乎在寻找着什么。
“有敌人入侵！”警卫大喊。
大雄他们立刻放下手中的工作，准备应对新的危机，他们不知道这些神秘身影是什么，但他们知道，一场新的战斗即将开始。